Собор окружает крытая каменная галерея, к которой с западной стороны примыкает квадратная одноярусная колокольня, крытая невысоким шатром. Спустя двенадцать лет после строительства собора, в 1502 году, в Ферапонтове приехал известный живописец Дионисий с сыновьями — расписывать собор.

Долгое время официальной датой строительства церкви считался 1407 год. Однако более детальное изучение памятника дало основания полагать, что церковь была построена между 1516 и 1542 годами на средства местного помещика Шимки.

В центре иконы изображена праведная Анна. Она полулежит или сидит на высоком ложе, к ней пришли с дарами другие женщины. Рядом находится повивальная бабка и служанки, они омывают Богоотроковицу в купели, напоминающей об обновлении и очищении человеческого рода.

Монастырь на острове был основан в 1393 году преподобным Арсением – монахом из Новгородской республики. По преданию, когда преподобный был на Афоне, ему был явлен дальнейший путь — вернуться на родной Север и основать монастырь во имя Пресвятой Богородицы.